Los Departamentos son los órganos encargados de coordinar las enseñanzas propias de sus respectivas áreas de conocimiento en los diversos Centros de la Universidad. El Consejo de Departamento es el órgano colegiado de representación y gobierno del mismo. Corresponde al Consejo de Departamento el ejercicio de las funciones establecidas en el art. 42 de los Estatutos de Castilla-La Mancha.
- Directora: Prof. Dra. Dª. Ana Mª Molina Casanova
- Áreas de Conocimiento:
Edafología y Química Agrícola
Genética
Producción Animal
Tecnologías del Medio Ambiente
Sanidad Animal
Toxicología
- Director: Prof. Dr. D. José González Piqueras
- Áreas de Conocimiento: Física Aplicada
- Delegado del Centro: Prof. Dr. D. David Hernández López
- Áreas de Conocimiento: Ingeniería Cartográfica, Geodésica y Fotogrametría
- Delegado del Centro: Prof. Dr. D. José Javier Orengo Valverde
- Áreas de Conocimiento: Matemática Aplicada
- Delegado del Centro: Prof. D. Raimundo Romero Moreno
- Áreas de Conocimiento:
Expresión Gráfica de la Ingeniería
Máquinas y Motores Térmicos
- Director: Prof. Dr. D. Miguel Ángel Moreno Hidalgo
- Áreas de Conocimiento:
Economía, Sociología y Política Agraria
Ingeniería Agroforestal
Producción Vegetal
- Delegado del Centro: Prof. D. Francisco Javier Gómez Quesada
- Áreas de Conocimiento: Arquitectura y Tecnología de computadores
- Delegado del Centro : Prof. Dr. D. Pedro Antonio Carrión Pérez
- Áreas de Conocimiento : Tecnología Electrónica
- Delegado del Centro: Prof. Dr. D. Petrus Wilhelmus Johannes de Groot
- Áreas de Conocimiento: Microbiología
- Delegada del Centro: Prof. Dra. Dª. Mª Julia González Gómez
- Áreas de Conocimiento: Bioquímica y Biología Molecular
- Delegada del Centro: Prof. Dra. Dª. Edelmira Valero Ruiz
- Áreas de Conocimiento: Química-Física
- Delegado del Centro: Prof. D. Martín Muñoz Morales
- Área de Conocimiento: Ingeniería Química